Anak bongsu daripada lapan adik-beradik, Habib Bourguiba dilahirkan pada 3 Ogos 1903 di Monastir, 100 batu di selatan Tunis. Bourguiba bersekolah di Sadiki College, Tunis dan kemudian di Carnot Lycee. Pada 1924, beliau melanjutkan pelajaran dalam jurusan undang-undang dan sains politik di Universiti Paris. Semasa di Paris, Bourguiba bertemu dengan Mathilde Lorrain dan berkahwin pada 1927. Mereka mendapat seorang anak yakni Habib Bourguiba Jr pada 9 April 1927.